对于Python和R而言，使用一个已有的工具，通常都是先安装，然后看帮助文档学会怎么调用函数。那么对于C语言来说，我应该如何使用一个已有的轮子呢？
前些日子，我翻译了李恒大神一篇关于seqtk代码介绍的博客，让我决定以seqtk为切入点，介绍下如何用别人造好的轮子。seqtk主要用到了两个头文件, khash.h和kseq.h, 同时我发现这两个文件在klib中，而klib提供了较为详细的介绍文档，因此我就直接去学klib了。
关于klib名字中的k, 我想到了之前英语老师说，在英语中k和c的发音类似，例如kindle读起来就像candle, 因此这里的k以及函数名，结构体名里的k，都可以认为是c，表示这是一个c语言库。
第一步：阅读文档
一个优秀的项目必然会有一个优秀的文档对这个项目进行介绍，否则就只能自娱自乐，不被广泛使用。因此，学习klib的第一步就是阅读它的文档。我为了让自己更好的理解，因此通过翻译的方式让自己能够认真阅读。
为了实现范型的容器，klib广泛的使用了C宏。为了使用这些数据结构，我们需要先扩展出宏中的实例方法。于是，源代码就显得有点难以阅读以及不利于后续调试。由于C语言没有模版特性，实现高效范型编程也只能用宏。只有在宏的帮助下，我们才能写出范型容器，它在初始化之后才能在效率上和类型特异的容器竞争。其他一些库，例如Glib, 使用void *类型实现容器。但是这种实现方法效率比较低，并且比klib使用更多内存。（参考这个评测结果）
为了有效的使用klib，我们需要了解下它是如何实现范型编程。这里哈希表库（哈希表是一种键值对数据库，查询效率高）为例
#include "khash.h"
KHASH_MAP_INIT_INT(32, char) //利用宏构建函数和数据结构
int main() {
int ret, is_missing;
khiter_t k;
khash_t(32) *h = kh_init(32); //初始化
k = kh_put(32, h, 5, &ret); //插入key
kh_value(h, k) = 10; //根据key设置值
k = kh_get(32, h, 10); //根据值找key
is_missing = (k == kh_end(h));
k = kh_get(32, h, 5);
kh_del(32, h, k); //删除key
for (k = kh_begin(h); k != kh_end(h); ++k) //遍历哈希表
if (kh_exist(h, k)) kh_value(h, k) = 1; //判断桶是否有数据
kh_destroy(32, h); //删除哈希表
return 0;
}
在这里例子中，第二行实例化了一个键类型为unsigned，值类型为char的哈希表，其中m32是哈希表的名字。所有和该名字相关的函数和数据类型都是宏，之后会进行解释。宏kh_init()初始化哈希表，而kh_destroy()则负责释放内存。kh_put插入键，并返回一个哈希表的迭代器(或者说位置)。kh_get()和kh_del()分别是获取值对应的键以及删除里面的元素。宏kh_exist()检测迭代器（或者说位置）是否在数据中。
看完代码之后，你会发现代码看起来不太像是有效的C程序，例如它缺少分号, 对一个函数赋值，m32没有预先定义。为了理解为什么代码是正确都，让我们更进一步都看下khash.h都源代码，代码骨架如下
#define KHASH_INIT(name, SCOPE, key_t, val_t, is_map, _hashf, _hasheq) \
typedef struct { \
int n_buckets, size, n_occupied, upper_bound; \
unsigned *flags; \
key_t *keys; \
val_t *vals; \
} kh_##name##_t; \
SCOPE inline kh_##name##_t *init_##name() { \
return (kh_##name##_t*)calloc(1, sizeof(kh_##name##_t)); \
} \
SCOPE inline int get_##name(kh_##name##_t *h, key_t k) \
... \
SCOPE inline void destroy_##name(kh_##name##_t *h) { \
if (h) { \
free(h->keys); free(h->flags); free(h->vals); free(h); \
} \
}
#define _int_hf(key) (unsigned)(key)
#define _int_heq(a, b) (a == b)
#define khash_t(name) kh_##name##_t
#define kh_value(h, k) ((h)->vals[k])
#define kh_begin(h, k) 0
#define kh_end(h) ((h)->n_buckets)
#define kh_init(name) init_##name()
#define kh_get(name, h, k) get_##name(h, k)
#define kh_destroy(name, h) destroy_##name(h)
...
#define KHASH_MAP_INIT_INT(name, val_t) \
KHASH_INIT(name, static, unsigned, val_t, is_map, _int_hf, _int_heq)
KHASH_INIT是一个巨大都宏，他定义了所有都结构体方法。当这个宏被调用时，所有代码会通过C预处理器插入到程序中被调用都位置。如果一个宏被多次调用，那么代码会在程序中出现多个拷贝。为了避免哈希表中因为不同键-值类型导致都命名冲突，这个库使用token concatenation, 也就是预处理器能够使用宏里的参数替换符号中部分内容。最后C预处理器会产生下面的代码，然后传递给编译器。（由于kh_exist(h,k)比较复杂，这里就不展开介绍）
typedef struct {
int n_buckets, size, n_occupied, upper_bound;
unsigned *flags;
unsigned *keys;
char *vals;
} kh_m32_t;
static inline kh_m32_t *init_m32() {
return (kh_m32_t*)calloc(1, sizeof(kh_m32_t));
}
static inline int get_m32(kh_m32_t *h, unsigned k)
...
static inline void destroy_m32(kh_m32_t *h) {
if (h) {
free(h->keys); free(h->flags); free(h->vals); free(h);
}
}
int main() {
int ret, is_missing;
khint_t k;
kh_m32_t *h = init_m32();
k = put_m32(h, 5, &ret);
if (!ret) del_m32(h, k);
h->vals[k] = 10;
k = get_m32(h, 10);
is_missing = (k == h->n_buckets);
k = get_m32(h, 5);
del_m32(h, k);
for (k = 0; k != h->n_buckets; ++k)
if (kh_exist(h, k)) h->vals[k] = 1;
destroy_m32(h);
return 0;
}
从这个例子中，我们可以看到宏和C预处理器是klib中非常重要的部分。为什么klib那么快，一部分原因就是编译器在编译过程中已经知道键值对类型，因此他就能将代码优化到类特异代码对水平。一个用void *写的范型库无法达到这种性能。
在实例化过程中会有大量代码插入，这也提示我们为什么C++编译速度慢以及使用STL/boost编译的二进制文件很大。Klib由于代码量很小，并且各个组件相对独立，因此表现更加优异。插入上百行代码不会让编译变得很慢。
第二步：运行案例
介绍文档给了哈希表作为案例，我们就可以复制代码进行测试
git clone https://github.com/attractivechaos/klib
新建一个hash_test.c, 粘贴下列内容
#include "klib/khash.h"
KHASH_MAP_INIT_INT(m32, char) // instantiate structs and methods
int main() {
int ret, is_missing;
khint_t k;
khash_t(m32) *h = kh_init(m32); // allocate a hash table
k = kh_put(m32, h, 5, &ret); // insert a key to the hash table
if (!ret) kh_del(m32, h, k);
kh_value(h, k) = 10; // set the value
k = kh_get(m32, h, 10); // query the hash table
is_missing = (k == kh_end(h)); // test if the key is present
k = kh_get(m32, h, 5);
kh_del(m32, h, k); // remove a key-value pair
for (k = kh_begin(h); k != kh_end(h); ++k) // traverse
if (kh_exist(h, k)) // test if a bucket contains data
kh_value(h, k) = 1;
kh_destroy(m32, h); // deallocate the hash table
return 0;
}
编译和运行
gcc -o test hash_test.c
./test
这个代码在运行时不会有任何输出，下一步我们可以尝试改造代码，让代码能够输出信息。
第三步: 改造代码
学会写代码的最快路径就是多写代码。以前我学习的时候，总觉得看一遍就够了，没有必要真的写一遍。真正开始写代码的时候，发现自己啥都不会。因此，为了能够学会使用khash.h, 我们按照自己的想法对代码做一些改造，看看代码的表现是否符合预期。下面代码，我写了一个循环，用于设置键值对。
#include <stdio.h>
#include "klib/khash.h"
KHASH_MAP_INIT_INT(m32, char) // instantiate structs and methods
int main() {
int ret, is_missing;
khint_t k;
khash_t(m32) *h = kh_init(m32); // allocate a hash table
int i = 0;
for ( i = 0 ; i < 10 ; i++ ){
k = kh_put(m32, h, i, &ret); // insert a key to the hash table
if (!ret) kh_del(m32, h, k);
kh_value(h, k) = i * i; // set the value
}
for (k = kh_begin(h); k != kh_end(h); ++k) // traverse
if (kh_exist(h, k)) // test if a bucket contains data
printf("%d\n", kh_value(h, k) );
kh_destroy(m32, h); // deallocate the hash table
return 0;
}
假如你有个文件，也是键值对的关系，那么你可以读取这个文件，用文件里对内容对哈希表进行赋值。
第四步: 在项目中应用
学习klib的目的是为了解决我实际的问题，也就是写一个通用的fastq转换成fasta程序，这个程序能够自动解决行过长的问题。最终代码如下
#include <stdio.h>
#include <zlib.h>
#include "klib/kseq.h"
KSEQ_INIT(gzFile, gzread)
int main(int argc, char *argv[])
{
gzFile fp;
kseq_t *seq;
int l;
if (argc == 1){
fprintf(stderr, "Usage: %s <in.fasta|in.fasta.gz>\n", argv[0]);
return 1;
}
fp = gzopen(argv[1], "r");
seq = kseq_init(fp); // 分配内存给seq
while( (l = kseq_read(seq)) >= 0){ //读取数据到seq中
printf(">%s\n", seq->name.s); //
printf("%s\n", seq->seq.s);
}
kseq_destroy(seq); //释放内存
gzclose(fp);
return 0;
}
这次的代码就特别的简洁，并且容易阅读。除了多了几行变量名定义和内存管理的代码外，其他时间就和写Python脚本一样，无非就是调用函数，kseq_read用于数据读取，kseq_t用于存放序列数据， 它的结构定义如下
typedef struct __kstring_t {
size_t l, m;
char *s;
} kstring_t;
typedef struct {
kstring_t name, comment, seq, qual;
int last_char;
kstream_t *f;
} kseq_t
这是我写的关于klib库的第一篇教程，往后还会不断用到这个库，用到的时候再写几篇进行介绍。
