使用SCALE分析单细胞ATAC-seq数据

使用SCALE分析单细胞ATAC-seq数据

motifmatchr: 在R语言中分析peak中里是否有motif匹配

有些时候就想简简单单判断已有的motif是不是在我的peak里

chromVAR: 从单细胞表观数据中推断转录因子相关开放区域

chromVAR是一个用于分析稀疏染色质开放的R包。chromVAR的输入文件包括,ATAC-seq处理后的fragments文件(过滤重复和低质量数据), DNAse-seq实验结果,以及基因组注释(例如motif位置)
Your browser is out-of-date!

Update your browser to view this website correctly. Update my browser now

×