使用jcvi绘制微共线性(Microsynteny)

一个简短的小教程,介绍如何绘制共线性

答: 扪心自问,meme几何?

ggplot2建立grid体系上,泛型函数让一个函数有不同的效果

ggplot2高级:构建自己的图层

ggplot2的高级境界,用ggproto创建自己的图层

「热图」ComplexHeatmap展示单细胞聚类

ComplexHeatmap真的好强大

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R语言的基础作图模块

「JCVI教程」使用JCVI根据CDS的BLAST结果绘制共线性图

利用CDS相互之间的blast结果展示基因组之间的共线性关系

「JCVI教程」使用JCVI进行基因组共线性分析(中)

JCVI的进阶用法,展示三个基因组之间的共线性关系

从零开始学CIRCOS绘制圈图(五)

这一部分承接从零开始学CIRCOS绘制圈图(四),对之前的布局进行调整,使结构更加适合于发表。染色体的位置顺序默认情况下是会显示所有的染色体,而且会先从ath1到ath5,然后从aly1到aly8, 那么如何调整顺序呢?需要设置的参数是chromosomes_order, 按照自己的需求调整位置。

从零开始学CIRCOS绘制圈图(四)

通常circos的中间部分不是空白区域,会用一条条线进行连接,表示两个染色体部分区域有关系。数据格式对于link,circos要求输入数据至少有6列,分别是chr1 start1 end1 chr2 start2 end2 [options]举个例子chr110000002000000chr5300
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