基因调控网络（GRN，Gene Regulatory Network）是一个描述基因间相互作用和调控关系的复杂网络。
每个基因的上下游可能会有很多的调控元件。可以使用转录因子的ChIP-seq特异性的寻找给定TF的下游基因。
通过使用bulk ATAC-seq/scATAC-seq，找到很多的peak。基于peak和基因的距离，我们可以将peak分配给基因。
一般peak是比较大的区域，比如说会有几百bp，而转录因子结合的区域（Transcription Factor Binding Site， TFBS），而TFBS的大小通常在6到20个碱基对（base pairs, bp）之间，一般我们称之为motif。
motif的序列不是固定的，是通过前提TF结合的序列的特征进行总结，得到的一个频率分布。因此，一个peak可能会扫描出大量的motif。那么到底是哪个TF呢？
pySCEINC提供了一个思路，基于scRNA-seq中TF和下游基因的共表达量关系，确定下游的基因的上游TF可能是什么。
