MSA可视化工具肯定是不少的,比如说R里面有ggmsa, python里有pyMSAviz, 当然还有MEGA,BioEdit。可是,我不想为了一个简单的功能下一个软件,当然也不需要非常酷炫的上色功能,我的核心诉求就几个
- 可以调整序列顺序
- 可以删除列
- 可以高亮列
- 可以搜索序列,例如MSA,可以搜索到M-SA
- 可以导出编辑结果
肯定有一些现成的工具可以满足我的需求,但是吧,我的经验告诉我,当我花时间去找现成工具时,相同时间我自己写代码也就搞定了,因此最终,我使用Claude辅助我,使用React完成了我的需求,源代码在https://github.com/xuzhougeng/simple-msa-viewer, 编译好的工具放在了 http://xuzhougeng.com/msa/
页面非常简单,你点个Load Demo就可以把玩了,也可以上传自己序列,别担心,网站没有后台,不会存放你的数据。我也不想存,毕竟占空间。
功能就是
- 左侧的方向键是用来调整顺序的,以及删除当前序列
- 你可以按住shift, 选择一个区域,点Delete Selected Columns删除,当然可以直接按Delete删除。
- 可以输入位置,跳转。
- Search Sequence 暂时被我放在了Input options中,后续会优化。
其他就没了,就是一个小工具,用来解决我自己的需求。