在arm架构的macOS系统安装conda实际上并没有特别需要注意的地方,我们只需要在最初下载的时候,选择conda-forge提供的miniconda,即Miniforge
Miniforge是针对conda-forge优化的conda,做了如下的预设
- conda-forge作为默认channel
- PyPy的可选支持,替代标准Python(CPython)
- Mambda可选支持,替代conda
- 多种CPU架构支持(x86_64, ppc64le, aarch64(M1))
安装过程代码如下
# 下载
cd ~/Download
wget https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-MacOSX-arm64.sh
# 安装
chmod +x ~/Downloads/Miniforge3-MacOSX-arm64.sh
sh ~/Downloads/Miniforge3-MacOSX-arm64.sh
运行时会有一些提示信息,输入yes或者回车就行,完成后会有如下信息
注意我在途中标识的部分,这里有两个信息我们需要指导
- 我们需要重启终端才能调用conda
- conda之后会默认启动base环节,除非你用
conda config --set auto_activate_base false
取消这个行为。
不过,遗憾的是许多生信软件还没有arm64版本,例如bwa, samtools 等,但是没有关系这些软件可以通过 homebrew 进行安装。