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使用RepeatModeler和RepeatMasker注释基因组重复序列

利用从头注释构建的数据库比直接同源注释好一些
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使用wgd进行全基因组复制分析
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使用wgd进行全基因组复制分析

全基因组复制分析
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使用refgenie管理你的参考基因组
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使用refgenie管理你的参考基因组

一个参考基因组管理工具
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使用OrthoFinder进行基因家族分析
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使用OrthoFinder进行基因家族分析

而OrthoFinder则是2015年出现的软件，目前已有400多引用。该软件持续更新，安装更加友好，因此我决定使用它来做直系同源基因的相关分析。
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使用OrthoMCL鉴定直系同源基因组

OrthoMCL是目前最常用的基因家族分析软件，从2013年发布2.0版本之后再也没有更新过，虽然它的安装过程复杂负责，但是依旧挡不住大家对他的喜好。
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这可能是最全最好的BLAST教程
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这可能是最全最好的BLAST教程

可能是最好的BLAST教程
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「JCVI教程」使用JCVI根据CDS的BLAST结果绘制共线性图

利用CDS相互之间的blast结果展示基因组之间的共线性关系
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「JCVI教程」使用JCVI进行基因组共线性分析(中)
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「JCVI教程」使用JCVI进行基因组共线性分析(中)

JCVI的进阶用法，展示三个基因组之间的共线性关系
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「JCVI教程」使用JCVI进行基因组共线性分析(上)
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「JCVI教程」使用JCVI进行基因组共线性分析(上)

JCVI展示共线性的入门级用法
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使用Swiss-Prot根据同源基因进行注释

使用UniProt上的dat信息对基因进行功能注释
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