「文献」杂合基因组的策略思路

杂合基因组组装策略

三代组装软件miniasm笔记

这套策略也就是小基因组了

使用purge_haplogs处理基因组杂合区域

处理杂合基因组的一个好用工具

使用TransDecoder寻找转录本中的编码区

TransDecoder能够从转录本序列中鉴定候选编码区。这些转录本序列可以来自于Trinity的从头组装,或者来自于Cufflinks或者StringTie的组装结果。

三代组装软件Canu使用

Canu一个非常优秀的组装工具,就是速度慢了点

利用3D-DNA流程组装基因组

一个简单好用的工具,就是个人觉得代码写的不好,有时间优化下吧

MECAT2: 三代高效组装工具

MECAT2, 快速的三代PacBio数据组装工具
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