通过在Windows上配置类Unix环境(MSYS2)里的操作，我们成功的在Windows里拥有了一个类Unix的环境，后续，我们就可以在这里面编译一些软件，这里以bwa和samtools为例
以下是一些必须的依赖项
- zlib-devel
- git
- make
- gcc
用pacman安装依赖项，如zlib-devel和git
pacman -S zlib-devel
# 查漏补缺
pacman -S --needed base-devel
pacman -S mingw-w64-x86_64-toolchain
pacman -S git
pacman -S gcc vim cmake
如果连接git速度有问题，可以尝试按照如下方法配置镜像
git config --global url."https://hub.fastgit.org/".insteadOf "https://github.com/"
git config protocol.https.allow always
编译bwa
bwa只依赖于zlib，因此会很顺利
git clone https://github.com/lh3/bwa
# compile
cd bwa
make
编译htslib
samtools依赖于htslib，因此需要先编译htslib
paman -S libbz2-devel liblzma-devel
git clone https://github.com/samtools/htslib
cd htslib
git submodule update --init --recursive
# 不需要root
./configure
make -j
make install
编译samtools
已知我不需要用到samtools 的 tview功能，则可以设置 --without-curses
git clone https://github.com/samtools/samtools
cd samtools
autoheader
autoconf -Wno-syntax
./configure --without-curses
make -j
make install
如果需要直接在cmd中调用msys2编译的程序，需要将 MSYS2 安装目录下的 usr/bin添加到Windows的环境变量中Path，参考在Windows上配置类Unix环境(MSYS2)里的操作
可能报错:
make: *** 没有规则可制作目标“../htslib/htscodecs/htscodecs/arith_dynamic.c”，由“../htslib/hts-object-files” 需求。 停止。
原因: htslib没有克隆完全。
