chromVAR: 从单细胞表观数据中推断转录因子相关开放区域
chromVAR是一个用于分析稀疏染色质开放的R包。chromVAR的输入文件包括，ATAC-seq处理后的fragments文件（过滤重复和低质量数据）, DNAse-seq实验结果，以及基因组注释（例如motif位置）
从零开始学CIRCOS绘制圈图(五)
这一部分承接从零开始学CIRCOS绘制圈图(四)，对之前的布局进行调整，使结构更加适合于发表。染色体的位置顺序默认情况下是会显示所有的染色体，而且会先从ath1到ath5,然后从aly1到aly8, 那么如何调整顺序呢？需要设置的参数是chromosomes_order, 按照自己的需求调整位置。
从零开始学CIRCOS绘制圈图(四)
通常circos的中间部分不是空白区域，会用一条条线进行连接，表示两个染色体部分区域有关系。数据格式对于link，circos要求输入数据至少有6列，分别是chr1 start1 end1 chr2 start2 end2 [options]举个例子chr110000002000000chr5300
从零开始学Circos绘制圈图(一)
一般基因组文章都会有下面这种酷炫图，用来描述基因组的基因密度分布，转座子的密度分布，和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系，以及其他各种你只要测序就能加上的信息，比如说你要是测了ATAC-seq，加上全基因组开放状态，要是测了多个组织，多个时期的RNA-seq，那就加上热图展现这种变化关系。