LTR_retriever: 一个更加准的LTR整合分析工具
LTR_retriever不是一个独立的工具，他的主要作用就是整合 LTRharvest, LTR_FINDER, MGEScan 3.0.0, LTR_STRUC, 和 LtrDetector的结果，过滤其中的假阳性LTR-RT，得到高质量的LTR-RT库。
HiC-Pro: Hi-C数据预处理高效工具
HiC-Pro是一个高效率的Hi-C数据预处理工具，能够应用于dilution Hi-C, in situ Hi-C, DNase Hi-C, Micro-C, capture-C, capture Hi-C 和 HiChip 这些数据。
「基因组注释」使用RepeatModeler从头注释基因组的重复序列
RepeatModeler可用来从头对基因组的重复序列家族进行建模注释，它的核心组件是RECON和RepatScout。
样本足够多时别用DESeq2，用非参数检验都行
在样本量比较小的时候，用复杂的模型是无奈之举，它有很多假设成分在，尤其是你还想从无重复的实验设计中算p值。当你样本量够多的时候，用最简单的模型其实就会有很好的结果。