MECAT2: 三代高效组装工具

MECAT2, 快速的三代PacBio数据组装工具

Cicero: 单细胞共开放分析

真的是一个比较复杂的工具

motifmatchr: 在R语言中分析peak中里是否有motif匹配

有些时候就想简简单单判断已有的motif是不是在我的peak里

R语言的稀疏矩阵学习记录

有些时候还得靠自己写函数

chromVAR: 从单细胞表观数据中推断转录因子相关开放区域

chromVAR是一个用于分析稀疏染色质开放的R包。chromVAR的输入文件包括,ATAC-seq处理后的fragments文件(过滤重复和低质量数据), DNAse-seq实验结果,以及基因组注释(例如motif位置)

实现Seurat 2 和 Seurat3 在同一个环境下共存

其实,我们可以通过修改别人的R包而构建一个自己用的R包

用rtracklayer读取和输出BigWig

自己写代码实现BigWig的输出

「文章重现」2019发表在NBT的10x sc-ATAC-seq分析重现

数据量真大,20w个细胞,每个细胞成本要0.4美元

「生信基础课」初学者入门Linux最少必要的知识点

对于入门而言,知道的越少越好,因为细节无穷无尽。你先要上手,会敲命令了。那么后期继续深入反而就只是时间问题了。
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