「JCVI教程」使用JCVI进行基因组共线性分析(中)

JCVI的进阶用法,展示三个基因组之间的共线性关系

使用Swiss-Prot根据同源基因进行注释

使用UniProt上的dat信息对基因进行功能注释

Seurat的scATAC-seq分析流程

利用scRNA-seq的分析结果对scATAC-seq进行预测

为ChIPseeker增加了一个subset函数

做了一点小工作

三代组装软件miniasm笔记

这套策略也就是小基因组了

使用purge_haplogs处理基因组杂合区域

处理杂合基因组的一个好用工具

使用TransDecoder寻找转录本中的编码区

TransDecoder能够从转录本序列中鉴定候选编码区。这些转录本序列可以来自于Trinity的从头组装,或者来自于Cufflinks或者StringTie的组装结果。

DIAMOND: 超快的蛋白序列比对软件

没想到它的速度那么快,相见恨晚
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