使用purge_haplogs处理基因组杂合区域

处理杂合基因组的一个好用工具

使用TransDecoder寻找转录本中的编码区

TransDecoder能够从转录本序列中鉴定候选编码区。这些转录本序列可以来自于Trinity的从头组装,或者来自于Cufflinks或者StringTie的组装结果。

DIAMOND: 超快的蛋白序列比对软件

没想到它的速度那么快,相见恨晚

使用MAKER进行全基因组基因注释-基础篇

MAKER使用方便,并且许多高分文章(NG,NP,MP)都有用它

三代组装软件Canu使用

Canu一个非常优秀的组装工具,就是速度慢了点

使用Pilon对基因组进行polish

使用Pilon对三代组装结果进行polish

使用Snakemake搭建分析流程

可能是snakemake最好的中文教程
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