使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)

对ArchR的基本介绍,以及如何从fragment.tsv.gz中创建Arrow文件

如何确定公共转录组数据集的来源性别

XIST和RPS4Y1是区分性别的两个高可信度的标记基因

单细胞测序数据整合中的批次效应

关于批次校正的一些总结和想法

Seurat的normalization和scaling

打开seurat数据预处理的黑匣子

「热图」ComplexHeatmap展示单细胞聚类

ComplexHeatmap真的好强大

使用SCALE分析单细胞ATAC-seq数据

使用SCALE分析单细胞ATAC-seq数据

Seurat的scATAC-seq分析流程

利用scRNA-seq的分析结果对scATAC-seq进行预测

Cicero: 单细胞共开放分析

真的是一个比较复杂的工具

「文章重现」2019发表在NBT的10x sc-ATAC-seq分析重现

数据量真大,20w个细胞,每个细胞成本要0.4美元
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